纽约的一项原理验证研究的结果表明，分析基因组、片段组和甲基化组的无细胞DNA血液测试可以帮助患有遗传性癌症易感综合症的个体及早发现癌症。这种疾病被称为李法美尼（Li-Fraumeni）综合征，其特征是存在危险的种系TP53突变。
正如《Cancer Discovery》报道的那样，来自病童医院（SickKids）、安大略省癌症研究所、玛格丽特公主癌症中心等地的研究人员回顾性分析了所收集的193份血浆样本中的游离DNA（cfDNA），这些样本来自89名患有种系TP53突变的成人或儿童。TP53突变会增加患脑肿瘤、乳腺癌、肾上腺皮质癌、软组织肉瘤或骨肉瘤的风险。
随着时间的推移，对42名受李法美尼综合征影响的参与者进行了测试，每人提供2到11个样本，而其他人则提供单个样本。89名参与者中，26人患有活动性癌症，18人起初肿瘤呈阴性，而后发展为一种或多种恶性肿瘤。
使用靶向基因组测序、浅层全基因组测序和无细胞甲基化DNA免疫沉淀测序（cfMeDIP-seq），研究小组研究了患有活动性癌症、或随后诊断出癌症的个体血浆样本中的肿瘤突变、拷贝数变化、与癌症相关的ctDNA片段模式以及cfDNA中发现的甲基化标记。
玛格丽特公主癌症中心OICR主任Trevor Pugh表示，这种方法可以检测血液中多种不同类型的DNA变化，这些变化展示了恶性肿瘤在成像中可被观察到的前几个月，身体某处就已经发生了变化。
在机器学习的帮助下，该团队缩小了早期癌症对应血浆标记物的范围，总体阳性预测值为67.6%，阴性预测值接近97%。在临床上无癌症的个体中，他们发现阳性预测值略高于54%，阴性预测值超过95%。
除了癌症普遍导致的cfDNA改变之外，该团队的分析还为恶性肿瘤出现的原发部位提供了线索。特别是与无癌症或患有其他癌症类型的个体样本相比，研究人员发现患有活动性乳腺癌的个体其甲基化区域往往出现高度甲基化。
“到目前为止，我们确实没有好的方法对患有癌症、或有患癌倾向的儿童进行监测，” 肿瘤学家、SickKids癌症遗传项目主任David Malkin表示：“现在我们可以使用简单的血液测试来确定癌症何时、何地以及是否发生。”
研究人员通过结合可用的数据类型可以提高cfDNA的癌症监测灵敏度，提出一个集成的基因签名，能够在早期癌症患者的近一半样本中准确地找到癌症线索，在部分晚期癌症病例的样本中，这一比例接近92%。
“这些方法中的每一种都能够检测样本中与癌症相关的信号，但多种分析的整合提供了对肿瘤DNA事件更全面的了解，” 玛格丽特公主癌症中心巴尔瓦尼家族癌症诊所医疗主任Raymond Kim在一份声明中表示。“这种更稳健的方法对于风险很高的早期癌症检测至关重要，”Kim解释道，她同时也是 SickKids和OICR安大略遗传性癌症研究网的成员。
论文中写道：“与目前的临床监测方法（例如成像）相比，采取无细胞DNA血液测试的液体活检可以更早地检测出李法美尼综合征患者的癌症。液体活检提供了更好的可及性和检测敏感性，补充了当前已有的临床检测方法。”
参考文献
Wong D,Luo P,Oldfield LE,et al.Early Cancer Detection in Li-Fraumeni Syndrome with Cell-Free DNA.Cancer Discov.2023 Oct 24.doi:10.1158/2159-8290.CD-23-0456.
